В 1987 году приказом от 10.12.87 N3490/ОК в ВСТИ была открыта общеобразовательная кафедра «Экономическая информатика и программирование». Первоначально кафедра находилась в составе инженерно-экономического факультета. В 1991 году в связи с увеличением доли дисциплин, читаемых на специальности 220100 – «Вычислительные машины, комплексы, системы и сети», кафедра вошла в состав электротехнического факультета и была переименована в кафедру «Системы информатики» (приказ по ВСТИ от 12.07.1991 года №1719/ОК).
С 1987 года по 1989 год кафедрой руководила Орехова Раиса Адамовна, кандидат экономических наук, профессор, проработавшая затем много лет на кафедре «Макроэкономика, экономическая информатика и статистика». В начале 60-х годов прошлого века она организовала в ВСТИ первую в республике лабораторию вычислительной техники, много сил и энергии вложила в научно-методическую работу по теме «Использование ЭВМ в научном и учебном процессе».
С 1989 по 1992 годы руководил кафедрой кандидат физико-математических наук, доцент Креккер Геннадий Мартынович, окончивший аспирантуру Института математики СО РАН. Он внес определенный вклад в подготовку инженеров по специальности 220100 в части преподавания дисциплин по программному обеспечению ЭВМ.
С 1992 года по 2016 год кафедру возглавляла Найханова Лариса Владимировна, с 2009 года доктор технических наук, профессор. В 1994 году кафедра начала подготовку кадров по специальности 220400 - «Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем». В 2001 году кафедра осуществила первый набор на специальность 010503 - «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем», которая является одной из самых современных и востребованных профессий.
С 2016 года кафедрой заведует доктор экономических наук, доцент Михайлова Светлана Сергеевна.
До 1994 года кафедра, являясь общеинженерной, преподавала прикладные математические дисциплины, дисциплины по вычислительной технике и программированию для студентов всех специальностей и всех форм обучения вуза:
"Вычислительная техника в инженерных и экономических расчетах",
"Математическое программирование",
"Машинная обработка экономической информации",
"АСУ отрасли и предприятия",
"Вычислительные машины и программирование",
"Экономико-математические методы и модели",
"Численные методы решения задач строительства на ЭВМ",
"Алгоритмизация и программирование для ЭВМ".
С 1999 года по 2015 год по специальности 220100 - «Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем» кафедрой подготовлено 513 человек, а по специальности 010503 - «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем» - 104 человека. Многие из выпускников добились значительных успехов в профессиональной сфере, в настоящее время трудятся не только в России, но и далеко за ее пределами.
С 2011-2012 учебного года кафедра ведет подготовку бакалавров по направлениям:
В 2015-2016 учебном году на кафедре начата подготовка магистров по направлениям:
В декабре 1999 года в университете был организован Технологический колледж. С 2003-2004 учебного года преподаватели кафедры принимают участие в подготовке специалистов среднего профессионального образования по специальности «Программное обеспечение ВТ и АС» на базе 11 класса, с 2004 года – на базе 9-го и 11-го классов, с 2010 года по специальности «Программирование в компьютерных системах». Выпускникам присваивается квалификация техник-программист, которые в процессе профессиональной деятельности должны уметь разрабатывать, модифицировать, адаптировать, настраивать и сопровождать программное обеспечение в организациях и на предприятиях различной отраслевой направленности.