В 1996 году в аспирантуре ВСГТУ обучалось 54 аспиранта по 20 специальностям. С 2003 года университет осуществлял набор аспирантов по 28 специальностям, с 2008 – по 30 специальностям.
До 1 сентября 2013 года обучение в аспирантуре относилось к послевузовскому профессиональному образованию. С 2014 года после вступления в силу нового закона об образовании ВСГУТУ осуществляет подготовку научно-педагогических кадров по 28 специальностям (профилям) в рамках 16 направлений подготовки кадров высшей квалификации, в том числе по 9 направлениям, соответствующим приоритетным направления модернизации и технологического развития экономики.
В 2009 году в университете была открыта докторантура по специальности 05.18.04 Технология мясных, молочных и рыбных продуктов и холодильных производств. Всего подготовлено 6 докторантов.
Сегодня в аспирантуре ВСГУТУ обучается 90 аспирантов на 27 образовательных программах.
С самого начала подготовка научно-педагогических кадров осуществлялась не только через собственную аспирантуру, но и путем направления преподавателей и сотрудников в целевую аспирантуру и докторантуру ведущих вузов страны. С 1989 года на обучение в целевой аспирантуре университетом было направлено порядка 225 человек.
Всего аспирантуру ВСГУТУ окончило более 1000 человек, из них более 42% с защитой диссертации.
До 1994 года защита диссертаций проводилась в специализированных советах других вузов.
В 1994 приказом Высшей аттестационной комиссии был утвержден первый в ВСТИ совет по защите кандидатских диссертаций по специальности Технология мясных, молочных и рыбных продуктов. По данному направлению это был первый совет в Сибири и на Дальнем Востоке.
До 2018 г. в университете функционировало 6 диссертационных советов по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора наук:
В настоящее время действуют диссертационные советы: Д212.039.05 под председательством д.т.н., профессора И.С. Хамагаевой и Д999.156.02 под председательством д.т.н., профессора П.К. Хардаева.
С 1989 г. аспирантуру возглавляла З.П. Бортосова, с 2011 г. по 2017 г. заведующей отдела была Е.А. Мешкова.