Аспирантура в университете была открыта в 1989 году. В этом году были приняты первые 7 аспирантов по заочной форме обучения по 4 специальностям: 05.18.14 Хранение и холодильные технологии консервированных пищевых продуктов (д.т.н., профессор А.А. Васильев); 05.18.13 Технология консервированных пищевых продуктов (д.т.н., профессор Т.Ф. Чиркина); 01.01.07 Вычислительная математика (д.ф.-м.н., профессор Ц.Б. Шойнжуров); 05.13.01 Управление в технических системах (д.т.н., профессор Ю.Ф. Мухопад).

В 1996 году в аспирантуре ВСГТУ обучалось 54 аспиранта по 20 специальностям. С 2003 года университет осуществлял набор аспирантов по 28 специальностям, с 2008 – по 30 специальностям.

До 1 сентября 2013 года обучение в аспирантуре относилось к послевузовскому профессиональному образованию. С 2014 года после вступления в силу нового закона об образовании ВСГУТУ осуществляет подготовку научно-педагогических кадров по 28 специальностям (профилям) в рамках 16 направлений подготовки кадров высшей квалификации, в том числе по 9 направлениям, соответствующим приоритетным направления модернизации и технологического развития экономики.

В 2009 году в университете была открыта докторантура по специальности 05.18.04 Технология мясных, молочных и рыбных продуктов и холодильных производств. Всего подготовлено 6 докторантов.

Сегодня в аспирантуре ВСГУТУ обучается 90 аспирантов на 27 образовательных программах.

С самого начала подготовка научно-педагогических кадров осуществлялась не только через собственную аспирантуру, но и путем направления преподавателей и сотрудников в целевую аспирантуру и докторантуру ведущих вузов страны. С 1989 года на обучение в целевой аспирантуре университетом было направлено порядка 225 человек.

Всего аспирантуру ВСГУТУ окончило более 1000 человек, из них более 42% с защитой диссертации.

До 1994 года защита диссертаций проводилась в специализированных советах других вузов.

В 1994 приказом Высшей аттестационной комиссии был утвержден первый в ВСТИ совет по защите кандидатских диссертаций по специальности Технология мясных, молочных и рыбных продуктов. По данному направлению это был первый совет в Сибири и на Дальнем Востоке.

До 2018 г. в университете функционировало 6 диссертационных советов по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора наук:

• Д212.039.05 по специальности 05.18.04 Технология мясных, молочных и рыбных продуктов и холодильных производств;
• Д212.039.04 по специальностям 08.00.01 Экономическая теория и 08.00.05 Экономика и управление народным хозяйством;
• Д999.156.02 по специальностям 05.23.05 Строительные материалы и изделия и 05.23.01 Строительные конструкции, здания и сооружения;
• Д999.157.03 по специальностям 05.20.01 Технологии и средства механизации сельского хозяйства и 05.20.03 Технологии и средства технического обслуживания в сельском хозяйстве;
• ДМ212.039.02 по специальности 03.01.06 Биотехнология (в т.ч. бионанотехнологии)
• ДМ212.039.03 по специальностям 01.04.14 Теплофизика и теоретическая теплотехника и 05.14.14 Тепловые электрические станции, их энергетические системы и агрегаты.

В настоящее время действуют диссертационные советы: Д212.039.05 под председательством д.т.н., профессора И.С. Хамагаевой и Д999.156.02 под председательством д.т.н., профессора П.К. Хардаева.

С 1989 г. аспирантуру возглавляла З.П. Бортосова, с 2011 г. по 2017 г. заведующей отдела была Е.А. Мешкова.